Перші паростки майбутнього Всеукраїнського громадського об’єднання «Асоціація хірургів України» зійшли більш ніж 100 років тому.
Перші наукові товариства, що об’єднували лікарів хірургічного профілю були регіональними та створювались в великих містах, що мали науково-практичну медичну школу.
Перше регіональне товариство хірургів було створено в 1908 році в Києві. Його фундатором та першим Головою був відомий хірург, професор кафедри факультетської хірургії Київського університету Микола Маркіянович Волкович.
В подальшому кількість хірургічних товариств збільшувалась.
Організовувались наукові об’єднання в Одесі, Харкові, Львові. Процес їх створення та об’єднання був перерваний Першою світовою війною, а потім лихоліттям 1917-1920 років. Одним з найперших відродилось Одеське товариство хірургів (1920 рік), а в подальшому наукова спілка сформувалась в Харкові (1922 рік).
У 1925 (26-29 березня) році в Харкові відбувся 1- й обласний з’їзд хірургів Лівобережної України, який прийнято вважати за перший з’їзд хірургів України. З 69 доповідей, що були заслухані на засіданнях, 7 були присвячені організаційним питанням. Присутніми на з’їзді були понад 400 делегатів, більшість з яких була з інших міст та регіонів України. Вперше під час проведення з’їзду були підняті питання щодо регулярності проведення в наступному заходів Всеукраїнського масштабу.
Протягом 1926 – 1933 років було проведено 4 Всеукраїнських з’їздів хірургічної спільноти, а саме в Одесі (15-19 вересня 1926 року), Києві (1927 рік), Дніпропетровську (1930 рік) та Харкові (1933 рік).
Під час проведення наукових заходів неодноразово піднімалось питання щодо створення республіканського товариства хірургів, і лише на VІ Всеукраїнському з’їзді ( у 1936 році) було розглянуто та затверджено статут Українського товариства хірургів.
Головою республіканського товариства хірургів було обрано Шамова Володимира Миколайовича, а секретарем Івана Миколайовича Іщенка. Також було обрано ревізійну комісію та президію і правління товариства.
Наступний VІІ з’їзд республіканського товариства хірургів відбувся лише 14 січня 1948 року.в Києві. Головою товариства хірургів був обраний професор, фундатор вітчизняної герніології Олексій Петрович Кримов – завідувач кафедрою факультетської хірургії.
На наступному, вже VІІІ з’їзді хірургів України, що пройшов в Києві Головою правління було обрано професора І́щенко Іва́н Микола́йовича, під головуванням якого були проведені ІХ (Дніпропетровськ 1958 рік) та Х (Харків, 1962 рік) республіканські з’їзди хірургів України.
У 1966 році в Одесі був проведений ХІ з’їзд хірургічного товариства, на якому Головою правління було обрано Коломійченка Михайла Ісидоровича.
ХІІ з’їзд хірургів відбувся в листопаді 1970 року в Києві, а вже ХІІІ з’їзд було проведено в червні 1976 року у Львові. На цьому з’їзді Головою правління було обрано професора Матяшина Гната Михайловича – головного хірурга МОЗ УРСР.
Наступний ХІV з’їзд республіканського хірургічного товариства відбувся 20-23 травня 1980 року в м. Донецьк. Саме на цьому науковому форумі Головою республіканського товариства хірургів було обрано академіка Олександра Олексійовича Шалімова.
Під керівництвом Олександра Олексійовича Шалімова правління республіканського товариства хірургів організувало та провело 6 з’їздів:
На всіх цих з’їздах делегати зі всіх регіонів України обирали Олександра Олексійовича Шалімова Головою товариства.
Під керівництвом Олександра Олексійовича Шалімова розпочато було роботу по реорганізації товариства в асоціацію хірургів України.
В результаті на ХVІ з’їзді хірургів України (1988) було затверджено реформування республіканського товариства хірургів в Асоціацію хірургів України та затверджено її перший статут.
У 2000 році на ХІХ з’їзді хірургів України були погоджені зміни та доповнення до Статуту, а асоціація отримала повну назву Всеукраїнське громадське об’єднання «Асоціація хірургів України» та свою структуру у вигляді регіональних осередків та апарату управління (правління та президія правління).
На ХХІ з’їзді (Запоріжжя, 5-7 жовтня 2005 року) О.О.Шалімова обрали почесним головою асоціації хірургів України, а її Головою за рекомендацією Олександра Олексійовича було обрано чл.-кор. НАН та АМН Украни Валерія Феодосієвича Саєнка.
ХХІІ з’їзд Асоціації хірургів України був запланований до проведення в 2009 році в Києві. Однак президія правління Асоціації вирішила провести з’їзд в комплексі заходів по відзначенню 200-річчя з дня народження М.І.Пирогова.
З 2 по 5 червня 2010 року ХХІІ з’їзд Асоціації хірургів України проводився у Вінниці. На організаційному засіданні правління Асоціації її Головою було обрано професора Поляченко Юрія Володимировича.
В 2015 році в Києві було проведено ХХІІІ з’їзд Асоціації хірургів України на якому Головою правління Асоціації було обрано директора ДУ «Національний інститут хірургії та трансплантології ім. О.О. Шалімова» професора Усенко Олександра Юрійовича.